Родился 24 октября 1868 г. в г. Верхотурье Пермской губ.

Профессор (1920).

Окончил историко-филологический факультет Московского университета (1890).

В 1891–1897 гг. – преподаватель древних языков в гимназиях Пермской губернии, в 1898–1906 гг. – приват-доцент Московского университета.

Один из известнейших пропагандистов-большевиков Москвы (1905–1906). Председатель Всероссийского учительского съезда (1905). Делегат V съезда РСДРП (1907). Член ЦК РСДРП (1907–1908). Представитель ЦК РСДРП в социал-демократической фракции III Государственной думы. С 1908 по 1917 г. находился в тюрьме, а затем в ссылке. Примкнул к меньшевикам-ликвидаторам (с 1911), сотрудничал в их прессе. Член ЦК партии меньшевиков (1917–1918), заместитель министра почт и телеграфов Временного правительства (май – июль 1917). Октябрьский переворот осудил, считая социалистическую революцию в России как объективно, так и субъективно недостаточно подготовленной.

Служил ректором 2-го Петроградского педагогического института (1918–1920); назначался членом Совета экспертов по народному образования при Народном комиссариате просвещения (1918).

В 1919–1921 гг. состоял в переписке с В. И. Лениным, убеждая его отменить политику «военного коммунизма», установить единоличную диктатуру и обеспечить правовую защиту частной собственности. В 1923–1924 гг. как противник советской власти находился в ссылке в Пскове, хотя политической деятельностью в это время уже не занимался, всецело отдаваясь научной и педагогической работе.

В 1920–1921 гг. – заместитель председателя организационного комитета Уральского университета, профессор кафедры русской истории словесно-исторического факультета, на котором читал лекции по курсу «Русская история».

В 1924–1927 гг. работал в вузах и научных учреждениях Ленинграда (университет, педагогические институты и др.) и Москвы (университет, Институт красной профессуры, Академия коммунистического воспитания). Директор Государственного исторического музея (1926, 1927).

Сторонник сравнительно-исторического метода исследования. Для Н. А. Рожкова история – это чередование эволюционных и революционных эпох, причем революция трактуется им как ускоренная эволюция.

Крупный специалист в области экономической истории России ХVI–ХIХ вв. Автор более 300 научных трудов.

В работе «Сельское хозяйство Московской Руси в XVI в.» (1899) на основе анализа значительного числа исторических источников первым среди русских историков пришел к выводу о сельскохозяйственном кризисе во второй половине XVI в. Исследование удостоено Большой Уваровской премии. В монографии «Происхождение самодержавия в России» (1906) на большом архивном материале проследил развитие и дифференциацию органов государственной власти в ХVI–ХVII вв. В 1920-е гг. занимался вопросами развития капитализма в России.